关于益生菌很多人都所了解，这一类在默默生存在人体内，默默发挥着健康的微生物，究竟是怎么被发现再继而走进我们的生活呢？人类史上的每一个进步都离不开一群匠人的努力。法国微生物学家巴斯德，也被认为是近代微生物学的奠基人。
1857年，巴斯德研究了牛奶的变酸过程，他把鲜牛奶和酸牛奶分别放在显微镜下观察，发现它们都含有同样的一些极小的生物——乳酸菌，而酸牛奶中的乳酸菌的数量远比鲜牛奶中的多。
这一发现说明，牛奶变酸与这些乳酸菌的活动密切相关。随后巴斯德发表了“关于乳酸发酵的记录”，这是微生物学界公认的经典论文，也是一切研究的开始。
益生菌有利于健康受到人们关注要到1908年，俄国科学家梅契尼科夫根据研究正式提出“酸奶长寿”理论。
20世纪初期，梅契尼科夫专门研究人类长寿问题时，通过对保加利亚地区高龄人群的饮食研究，发现了他们有着经常饮用酸奶的习惯。在对酸奶进行验化后，他发现了其中富含一种能有效消灭肠道内腐败细菌的杆菌，并判定这是高龄的原因。
根据研究而出的著作《长寿》为他赢得了诺贝尔科学奖，并在当时的医学界引起了一场轰动，有关益生菌对人体有益的研究掀起了高潮。
益生菌真正能被人们所利用生产，要到20世纪30年代。
1930年，日本医学博士--代田稔博士在微生物学研究室次成功地分离出来自人体肠道的乳酸杆菌，并经过强化培养，使它能活着到达肠内。
这就是后来被称为养乐多菌的益生菌。1935年，乳酸菌饮料“养乐多”问世，益生菌开始走向产业化。
1957年，Gordon等人在《柳叶刀(The Lancet)》提出了有效的乳杆菌疗法标准：乳杆菌应该没有致病性，能够在肠道中生长，当活菌数量达到107-109时，明显具有有益菌群的作用。
2001年，世界粮农组织和世界卫生组织对益生菌下定义：通过摄取适当的量、对食用者的身体健康能发挥有效作用的活菌。
联合国粮农组织和世界卫生组织组成的专家联合顾问团强烈建议用分子生物学的手段鉴定益生菌，并推荐益生菌存放于国际性菌物保藏中心。同年，法国完成株乳酸菌即乳酸乳球菌IL1403的全基因组测序。
而近，据美国的4大医院克利夫兰诊所预测，使用肠道菌群诊断和治疗疾病将是2017年可能改变医疗界的医学创新的一个亮点。
“曾经非常关注基因组学市场的生物技术公司都在转向开发肠道菌群的潜力来研发新的诊断方法、新的疗法和新的‘益生菌’产品来预防危险的肠道菌群失衡。”克利夫兰这样报，Roizen称诊断方法将会成为2017年肠道菌群领域可能出创新成果的地方。
一直默默在人体内发挥着健康的益生菌，历经一个世纪，终于慢慢的出现在人类的视野里，得到了科研界的广泛认可，而与此相关的研究将持续的推进。
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